Bước 1: Căn cứ khoản 3 Điều 13 Nghị định số 16/2016/NĐ-CP, cơ quan chủ quản lập Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư theo Mẫu tại Phụ lục IIIc của Nghị định số 16/2016/NĐ-CP;
Bước 2: Cơ quan chủ quản có công văn kèm Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư gửi lấy ý kiến Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính và các cơ quan có liên quan về chủ trương đầu tư;
Bước 3: Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (đối với nguồn vốn của Ngân hàng Thế giới, Ngân hàng Phát triển châu Á, tổ chức tài chính tiền tệ quốc tế và ngân hàng quốc tế khác mà Ngân hàng Nhà nước Việt Nam làm đại diện) thẩm định nguồn vốn ODA viện trợ không hoàn lại, vốn đối ứng và khả năng cân đối các nguồn vốn này. Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các cơ quan có liên quan có ý kiến về cơ chế tài chính trong nước đối với chương trình, dự án và phương thức cho vay lại;
Bước 4: Căn cứ ý kiến các cơ quan, ý kiến thẩm định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về nguồn vốn và khả năng cân đối vốn, ý kiến của Bộ Tài chính về cơ chế tài chính trong nước áp dụng đối với chương trình, dự án và phương thức cho vay lại, cơ quan chủ quản tổ chức thẩm định thông qua hình thức tổ chức Hội nghị thẩm định hoặc lấy ý kiến thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư của các cơ quan có liên quan tùy thuộc vào quy mô, tính chất và nội dung của chương trình, dự án và quyết định chủ trương đầu tư.